Patrik Hovagim makamını 1461 yılında Samatya’da eski bir Bizans manastırı külliyesinde tesis etti. Hovagim’den Tavit I.’e yirmi patrik Samatya’da tahta çıktılar. 1641’de Patrik Tavit I. makamı Kumkapı’ya nakletti ve o günden günümüze dek Türkiye Ermenileri’nin ruhani merkezi buradadır. 1718’de, Bitlisli Patrik Hovhannes IX. (Golod) döneminde vuku bulan ve otuzdört saat süren büyük yangında Patrikhane ve Kilise harap oldu. Fakat kısa sürede yeniden inşa edildi. 1820’de tekrar yanan Patrikhane, Mimar Hovhannes Serveryan tarafından bir kez daha inşa edildi. 1826’daki bir yangın Patrikhane’yi bir kez daha kül etti. Bu kez Hassa Mimarı Krikor Amira Balyan ve Garabed Amira Dövletyan Patrikhane ve külliyesini yeniden inşa ettiler. Bugünkü bina ise 1913’te, Patrik Hovahannes XII. (Arşaruni) döneminde, Krikor Melidosyan’ın mimarlığında inşa edildi.
Günümüzdeki bina 90 yıla yakın hizmet verdikten sonra, Marmara depreminde (17 Ağustos 1999) hasar gördü. Aynı üslupla yeniden inşa için gerçekleştirilen izin başvurusu reddedildi. Bu durumda tek çare olarak onarım yoluna gidildi. Üç buçuk yıllık büyük bir onarımdan sonra, Patrikhane ve külliyesi köklü bir onarımdan geçmiş oldu. Patrik Hazretleri ve sekreterya 2004 yılı sonbaharında Patrikhaneye taşındılar.